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特定信託の性格からその所得の金額の計算規定として相応しくない規定については、この準じて計算する対象から除かれる。
そのほか、元本の金額の増減を生ずる取引その他特定信託の所得計算に必要な事項については政令で定めることとされている。 また、政令では、特定信託の所得の金額の計算上、元本の増減を生ずる取引については、益金の額又は損金の額に算入しない旨その他特定信託の所得の金額の計算に必要な事項を定めることが予定されている。
法人税額の計算特定信託の各計算期間の所得に対する法人税の額は、法人の各事業年度の所得に対する税額と同様、特定信託の各計算期間の所得に34.5％を乗じた金額である。
ただし、この法人税率については、2000年度のＳＰＣ法等改正で同時に行われている「経済社会の変化等に対応して早急に講ずべき所得税及び法人税の負担軽減措置に関する法律」の一部改正により、法人の各事業年度の所得に対するものと同様に、３０％とされる。
同族特定信託に対する取扱いの適用で、同族特定信託受益権を有する者(同族会社でない法人を除く)の３人以下並びにこれらと政令で定める特殊の関係のある個人及び法人(同族会社でない法人を除く)が有する受益権のその特定信託に係るすべての受益権に対する割合が１００分の50以上に相当するものとして政令で定める特定信託を「同族特定信託」という。 政令では、「特殊の関係のある個人及び法人」について、法人税法施行令第４条（同族関係者の範囲）の規定と同様の規定を定めることが予定されている。
また、信託の種類に応じて同族関係者の有する受益権割合が50％以上となる特定信託を定めることが予定されている。 同族特定信託の留保所得に対する課税特定信託のうち同族特定信託に該当するものについては、法人税の額のほかに、当該「同族特定信託の留保所得（一定の額を超える留保金額)」に対しては特別の税率を乗じて計算した法人税が課される。
つまり、同族特定信託の各計算期間の留保金額が留保控除額を越える場合、その同族特定信託の受託者である内国法人に対して課する各計算期間の所得に対する法人税の額は、通常の法人税の額に、その超える部分の留保金額を次に掲げる金額に区分してそれぞれの金額にそれぞれに定める割合を乗じて計算した金額の合計額を加算した金額とされる。
2000年度税制改正で、新たに特定信託から生ずる所得に対して法人税を課することとなったが、信託においては、形式上は、投資家である受益者がその有する財産について意思決定権を有しておらず、これは管理・支配するという関係にはない。
しかし、私募で形成された信託のように受益者が少数の場合には、個人が同族会社を支配するのと同様に、実質的に信託からの収益の分配金を調整することが可能である。
その結果、当該信託から支払われる収益の分配に対する個人留保金額留保金額とは、当該計算期間の所得等の金額のうち「留保した金額」から、当該計算期間の所得に対する法人税の額（所得税額控除等の対象となる金額がある場合には、当該金額を控除した金額）並びに当該法人税の額に係る道府県民税及び市町村民税(都民税を含む）の額の合計額を控除した金額である。
留保控除額留保控除額とは、金額のうちいずれか多い金額をいう。 特定信託の受託者である内国法人が各特定信託の信託財産につき当該特定信託の各計算期間において、「内国法人に係る所得税の課税標準」に規定する利子等、配当等、給付補てん金、利息、利益、差益、利益の分配報酬若しくは料金又は賞金の支払を受ける場合、これらにつき同法の規定により課される。
その他信託の計算期間が１年未満の場合の定額控除等の月数按分、同族特定信託に該当するか否かの判定時期についても、同族会社の場合と同様である。
特定信託に係る所得税額控除の適用の累進所得税を回避するため、必要以上に信託に利益を留保することが十分予想される。
さらに、税負担の公平確保の観点に照らして、特定信託のうち少数の同族関係にある受益者しか存在しないもの（同族特定信託）については、同族会社に対する課税と同様の留保金課税が行われる。 所得税の額は、政令の定めるところにより、当該計算期間の所得に対する法人税の額から控除される。
政令では、法人税の額から控除する所得税の額は、公債若しくは社債の利子や法人から受ける利益の配当に対する所得税のように、その元本を所有していた期間に対応させて計算する必要がある所得税とそれ以外の所得税に区分して算定する旨及びその計算方法等を定めることが予定されている。
また、上記の税額控除の対象とされる所得税の額の範囲については、次に掲げる規定により課される所得税についても、対象となる。
上記の所得税の控除を受けようとする場合、特定信託確定申告害に当該税額控除を受けるべき金額及びその計算に関する明細書に記載しなければならず、この場合において、控除されるべき金額は、当該金額として記載された金額が限度となる。 なお、税務署長は、控除する所得税の額の全部又は一部につき明細書の記載がない特定信託確定申告書の提出があった場合においても、その記載がなかったことについてやむを得ない事情があると認められるときは、その記載がなかった金額につき所得税額控除の規定を適用することができる。
特定信託に係る外国税額の控除内国法人に係る外国税額控除と同様、特定信託に係る法人税についても外国税額控除が適用される。 ただし、特定信託に係る外国税額控除においては、直接外国税額控除のみが認められ、間接外国税額控除は認められない。
特定信託中間申告書の提出特定信託の受託者である内国法人は、各特定信託の計算期間が６か月を超える場合（政令で定める場合を除く）には、当該計算期間開始の日以後６か月を経過した日から２月以内に、税務署長に対し、一定の事項を記載した「特定信託中間申告書」を提出しなければならない。 ただし、計算される金額が１０万円以下である場合又は当該金額がない場合は、当該申告書を提出する必要はない。
政令では、「計算期間」に係る政令の規定と同様の事項が定められる予定である。 この申告書には、次に掲げる事項が記載される。
「前計算期間の法人税額」は、前計算期間の特定信託確定申告書に記載すべき法人税の額で、所得税額の控除、外国税額の控除がある場合には、これらの金額を控除した後の法人税額（留保所得に係る法人税額を含む｡)であり、土地譲渡利益金額に係る法人税額は除かれる予定である。
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そのほか、元本の金額の増減を生ずる取引その他特定信託の所得計算に必要な事項については政令で定めることとされている。 また、政令では、特定信託の所得の金額の計算上、元本の増減を生ずる取引については、益金の額又は損金の額に算入しない旨その他特定信託の所得の金額の計算に必要な事項を定めることが予定されている。
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また、信託の種類に応じて同族関係者の有する受益権割合が50％以上となる特定信託を定めることが予定されている。 同族特定信託の留保所得に対する課税特定信託のうち同族特定信託に該当するものについては、法人税の額のほかに、当該「同族特定信託の留保所得（一定の額を超える留保金額)」に対しては特別の税率を乗じて計算した法人税が課される。
つまり、同族特定信託の各計算期間の留保金額が留保控除額を越える場合、その同族特定信託の受託者である内国法人に対して課する各計算期間の所得に対する法人税の額は、通常の法人税の額に、その超える部分の留保金額を次に掲げる金額に区分してそれぞれの金額にそれぞれに定める割合を乗じて計算した金額の合計額を加算した金額とされる。
2000年度税制改正で、新たに特定信託から生ずる所得に対して法人税を課することとなったが、信託においては、形式上は、投資家である受益者がその有する財産について意思決定権を有しておらず、これは管理・支配するという関係にはない。
しかし、私募で形成された信託のように受益者が少数の場合には、個人が同族会社を支配するのと同様に、実質的に信託からの収益の分配金を調整することが可能である。
その結果、当該信託から支払われる収益の分配に対する個人留保金額留保金額とは、当該計算期間の所得等の金額のうち「留保した金額」から、当該計算期間の所得に対する法人税の額（所得税額控除等の対象となる金額がある場合には、当該金額を控除した金額）並びに当該法人税の額に係る道府県民税及び市町村民税(都民税を含む）の額の合計額を控除した金額である。
留保控除額留保控除額とは、金額のうちいずれか多い金額をいう。 特定信託の受託者である内国法人が各特定信託の信託財産につき当該特定信託の各計算期間において、「内国法人に係る所得税の課税標準」に規定する利子等、配当等、給付補てん金、利息、利益、差益、利益の分配報酬若しくは料金又は賞金の支払を受ける場合、これらにつき同法の規定により課される。
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さらに、税負担の公平確保の観点に照らして、特定信託のうち少数の同族関係にある受益者しか存在しないもの（同族特定信託）については、同族会社に対する課税と同様の留保金課税が行われる。 所得税の額は、政令の定めるところにより、当該計算期間の所得に対する法人税の額から控除される。
政令では、法人税の額から控除する所得税の額は、公債若しくは社債の利子や法人から受ける利益の配当に対する所得税のように、その元本を所有していた期間に対応させて計算する必要がある所得税とそれ以外の所得税に区分して算定する旨及びその計算方法等を定めることが予定されている。
また、上記の税額控除の対象とされる所得税の額の範囲については、次に掲げる規定により課される所得税についても、対象となる。
上記の所得税の控除を受けようとする場合、特定信託確定申告害に当該税額控除を受けるべき金額及びその計算に関する明細書に記載しなければならず、この場合において、控除されるべき金額は、当該金額として記載された金額が限度となる。 なお、税務署長は、控除する所得税の額の全部又は一部につき明細書の記載がない特定信託確定申告書の提出があった場合においても、その記載がなかったことについてやむを得ない事情があると認められるときは、その記載がなかった金額につき所得税額控除の規定を適用することができる。
特定信託に係る外国税額の控除内国法人に係る外国税額控除と同様、特定信託に係る法人税についても外国税額控除が適用される。 ただし、特定信託に係る外国税額控除においては、直接外国税額控除のみが認められ、間接外国税額控除は認められない。
特定信託中間申告書の提出特定信託の受託者である内国法人は、各特定信託の計算期間が６か月を超える場合（政令で定める場合を除く）には、当該計算期間開始の日以後６か月を経過した日から２月以内に、税務署長に対し、一定の事項を記載した「特定信託中間申告書」を提出しなければならない。 ただし、計算される金額が１０万円以下である場合又は当該金額がない場合は、当該申告書を提出する必要はない。
政令では、「計算期間」に係る政令の規定と同様の事項が定められる予定である。 この申告書には、次に掲げる事項が記載される。
「前計算期間の法人税額」は、前計算期間の特定信託確定申告書に記載すべき法人税の額で、所得税額の控除、外国税額の控除がある場合には、これらの金額を控除した後の法人税額（留保所得に係る法人税額を含む｡)であり、土地譲渡利益金額に係る法人税額は除かれる予定である。
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